自分のモンスターゾーンに「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」が表側表示で存在し、『②：このカードがモンスターゾーンに存在する限り、攻撃力０のモンスターが発動した効果は無効化される』モンスター効果が適用されています。

この状況で、自分の発動した「墓地墓地の恨み」の『相手の墓地のカードが８枚以上の場合に発動できる。相手フィールド上の全てのモンスターの攻撃力を０にする』効果が適用され、攻撃力が0となっている相手の「重装甲列車アイアン・ヴォルフ」が『①：１ターンに１度、このカードのX素材を１つ取り除き、自分フィールドの機械族モンスター１体を対象として発動できる。このターン、自分はそのモンスターでしか攻撃できず、そのモンスターは直接攻撃できる』モンスター効果を発動した場合、そのモンスター効果は無効化されますか？

また、その「重装甲列車アイアン・ヴォルフ」が破壊され『②：このカードが相手によって破壊され墓地へ送られた場合に発動できる。デッキから機械族・レベル４モンスター１体を手札に加える』モンスター効果を発動した場合、そのモンスター効果は無効化されますか？

「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」のモンスター効果が適用されている場合、攻撃力0のモンスターが発動した効果は無効化されます。

質問の状況の場合、「重装甲列車アイアン・ヴォルフ」が『このターン、自分はそのモンスターでしか攻撃できず、そのモンスターは直接攻撃できる』モンスター効果を発動する際には、既に「墓地墓地の恨み」の効果が適用され、攻撃力が0の状態となっていますので、「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」のモンスター効果によってその効果処理は無効化されます。

また、その「重装甲列車アイアン・ヴォルフ」が破壊され墓地へ送られた際に、『デッキから機械族・レベル４モンスター１体を手札に加える』モンスター効果を発動する場合には、「墓地墓地の恨み」の効果は適用されていない状態となりますので、攻撃力が0のモンスターが効果を発動した扱いにはなりません。
（この場合には、「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」のモンスター効果によってその効果処理は無効化されず、『デッキから機械族・レベル４モンスター１体を手札に加える』処理が適用されます。）