自分が「ペンデュラム・コール」の『①：手札を１枚捨てて発動できる。カード名が異なる「魔術師」Pモンスター２体をデッキから手札に加える。このカードの発動後、次の相手ターン終了時まで自分のPゾーンの「魔術師」カードは効果では破壊されない』効果を発動しているターンです。

自分のペンデュラムゾーンに「貴竜の魔術師」と「慧眼の魔術師」が存在し、自分の「メトロンノーム」が直接攻撃で相手に戦闘ダメージを与えた場合、「メトロンノーム」の『②：このカードが直接攻撃によって相手に戦闘ダメージを与えた場合に発動する。お互いのPゾーンのカードを全て破壊する』効果は発動しますか？

質問の状況の場合、自分のペンデュラムゾーンに存在する「貴竜の魔術師」と「慧眼の魔術師」は「ペンデュラム・コール」の効果が適用されていますので、カードの効果では破壊されません。

この場合でも、「メトロンノーム」が直接攻撃によって相手に戦闘ダメージを与えたのであれば、そのモンスター効果は発動します。

この場合、自分のペンデュラムゾーンの「貴竜の魔術師」と「慧眼の魔術師」は破壊されませんが、相手のペンデュラムゾーンにカードが存在する場合には、相手のペンデュラムゾーンのカードは通常通り破壊される事になります。