自分のモンスターゾーンに「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」が表側表示で存在し、『②：このカードがモンスターゾーンに存在する限り、攻撃力０のモンスターが発動した効果は無効化される』モンスター効果が適用されています。

この状況で、相手が「フルメタルフォーゼ・アルカエスト」の『①：相手ターンに１度、フィールドの効果モンスター１体を対象として発動できる。その効果モンスターを装備カード扱いとしてこのカードに装備する』モンスター効果を発動した場合、どの効果が無効化されますか？

「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」のモンスター効果が適用されている場合、攻撃力0のモンスターが発動した効果は無効化されます。

無効化されるのは、発動したそのチェーンブロックの効果処理のみとなりますので、質問の状況の場合、「フルメタルフォーゼ・アルカエスト」の『②：このカードの守備力は、このカードの効果で装備したモンスターの元々の攻撃力分アップする』モンスター効果や、『③：このカードが「メタルフォーゼ」融合モンスターカードによって決められた融合素材モンスターを装備している場合、その装備カードをその融合モンスターの融合素材に使用できる』モンスター効果はどちらも永続効果となりますので、「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」のモンスター効果によって無効化される事はありません。