「S－Force 乱破小夜丸」と、「S－Force ドッグ・タッグ」と「I：Pマスカレーナ」をリンク素材として、「S－Force ジャスティファイ」をリンク召喚しました。

その後、相手が発動した「スキルドレイン」の効果によって、「S－Force ジャスティファイ」のモンスター効果が無効化される場合、適用されている「I：Pマスカレーナ」の『②：このカードをリンク素材としたリンクモンスターは相手の効果では破壊されない』効果はどうなりますか？

引き続き適用されます。

「I：Pマスカレーナ」を素材としてリンク召喚されたリンクモンスター（＝上記の「S－Force ジャスティファイ」）には、『このカードをリンク素材としたリンクモンスターは相手の効果では破壊されない』効果が適用されています。この効果は、そのリンクモンスターがフィールドで適用する効果ではありませんので、「スキルドレイン」の効果が適用され、そのリンクモンスターのモンスター効果が無効化された場合でも、効果の適用がなくなる事はありません。（そのリンクモンスターは相手のカードの効果では破壊されない状態のままです。）

例として、以下のカードを特殊召喚の素材にした場合についても、適用された効果は無効になりません。
「炎竜星－シュンゲイ」
「WW－スノウ・ベル」
「水竜星－ビシキ」
「武力の軍奏」
「トラパート」
「ジャンク・ジャイアント」