自分が「ハーピィの羽根帚」を発動し、相手の魔法＆罠ゾーンにセットされていた「魔術の呪文書」と「黒いペンダント」を破壊しました。

この時、相手は「黒いペンダント」の『このカードがフィールド上から墓地へ送られた時、相手ライフに５００ポイントダメージを与える』効果をチェーン1、「魔術の呪文書」の『このカードがフィールド上から墓地へ送られた時、自分は１０００ライフポイント回復する』効果をチェーン2として発動しました。

この場合、自分の墓地に存在する「D-HERO ディシジョンガイ」の『③：このカードが墓地に存在し、自分にダメージを与える魔法・罠・モンスターの効果が発動した時に発動する。このカードを手札に戻し、その効果で自分が受けるダメージを０にする』モンスター効果はどうなりますか？

質問の状況の場合でも、自分にダメージを与える「黒いペンダント」の効果が発動していますので、墓地の「D-HERO ディシジョンガイ」のモンスター効果は発動します。
（この場合、チェーン3として「D-HERO ディシジョンガイ」のモンスター効果が発動します。）

しかしながら、「黒いペンダント」の効果に直接チェーンして発動していませんので、「D-HERO ディシジョンガイ」のモンスター効果は、『このカードを手札に戻し』の処理は適用されますが、『その効果で自分が受けるダメージを０にする』処理は適用されず、自分は「黒いペンダント」の効果によるダメージを通常通り受ける事になります。