自分のエクストラデッキに存在する表側表示のカードが「時読みの魔術師」と「星読みの魔術師」のみ、という状況です。

この時、「アメイジング・ペンデュラム」の『①：自分のPゾーンにカードが存在しない場合に発動できる。自分のエクストラデッキから、カード名が異なる表側表示の「魔術師」Pモンスター２体を手札に加える』効果の発動にチェーンして、「ペンデュラム・リボーン」を発動し、『①：自分のエクストラデッキの表側表示のPモンスターまたは自分の墓地のPモンスター１体を選んで特殊召喚する』効果によって、自分のエクストラデッキから「時読みの魔術師」を特殊召喚した場合、「アメイジング・ペンデュラム」の効果処理はどうなりますか？

「アメイジング・ペンデュラム」の効果は、その効果処理時に自分のエクストラデッキに表側表示で存在するカードの中から、カード名が異なる「魔術師」と名のついたモンスター2体を選び、手札に加える効果となります。

したがって、質問の状況のように、「アメイジング・ペンデュラム」の効果処理時に、自分のエクストラデッキに表側表示の「魔術師」と名のついたペンデュラムモンスターが1体しか存在しなくなった場合には、「アメイジング・ペンデュラム」の効果処理は適用されません。
（1体も手札に加える事はできません。）