「EMシール・イール」の『①：このカードが召喚・特殊召喚に成功した時、相手フィールドにセットされた魔法・罠カード１枚を対象として発動できる。このターン、そのカードは発動できない。この効果の発動に対して、お互いは魔法・罠・モンスターの効果を発動できない』モンスター効果を発動し、相手の魔法＆罠ゾーンにセットされているカードを対象としているターンです。

その後に、「スキルドレイン」が発動し、「EMシール・イール」のモンスター効果が無効化された場合、対象となっているセットされたカードは発動できるようになりますか？

質問の状況のように、モンスター効果を発動した「EMシール・イール」が、その後に発動した「スキルドレイン」によってモンスター効果を無効化された場合でも、既に発動した『このターン、そのカードは発動できない』効果は適用されたままとなります。

したがって、質問の状況の場合、対象となっているセットされたカードが発動できるようにはなりません。