相手の魔法＆罠ゾーンに「スキルドレイン」が表側表示で存在し、『①：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、フィールドの全ての表側表示モンスターの効果は無効化される』効果が適用されています。

また、自分の魔法＆罠ゾーンに「オルターガイスト・プロトコル」が表側表示で存在し、『①：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、自分フィールドの「オルターガイスト」カードの効果の発動及びその発動した効果は無効化されない』効果も適用されています。

この状況で、自分のモンスターゾーンに表側表示で存在する「オルターガイスト・マリオネッター」の『②：自分フィールドの「オルターガイスト」カード１枚と、自分の墓地の「オルターガイスト」モンスター１体を対象として発動できる。対象のフィールドのカードを墓地へ送り、対象の墓地のモンスターを特殊召喚する』モンスター効果を発動し、自分の魔法＆罠ゾーンの「オルターガイスト・プロトコル」と、自分の墓地の「オルターガイスト・メリュシーク」を対象とした場合、効果処理はどうなりますか？

質問の状況の場合、「オルターガイスト・プロトコル」の効果が適用されていますので、「スキルドレイン」の効果が適用されている場合でも、発動した「オルターガイスト・マリオネッター」のモンスター効果は無効化されません。

「オルターガイスト・マリオネッター」の効果処理によって、対象の「オルターガイスト・プロトコル」が墓地へ送られた事で、『①：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、自分フィールドの「オルターガイスト」カードの効果の発動及びその発動した効果は無効化されない』効果の適用はなくなり、「オルターガイスト・マリオネッター」のモンスター効果は無効化される状態となりますが、『対象のフィールドのカードを墓地へ送り、対象の墓地のモンスターを特殊召喚する』の一連の処理は行われ、対象の「オルターガイスト・メリュシーク」が墓地から特殊召喚される事になります。