「巨竜の聖騎士」が装備カードを装備し、『②：装備カードを装備したこのカードは他のモンスターの効果を受けない』効果が適用されています。

この状況で、「巨竜の聖騎士」が相手の「フェルグラントドラゴン」と戦闘を行う際に、自分は「EMバリアバルーンバク」の『①：自分のモンスターが相手モンスターと戦闘を行うダメージ計算時、このカードを手札から捨てて発動できる。その戦闘で発生するお互いの戦闘ダメージは０になる』モンスター効果を発動する事はできますか？

「EMバリアバルーンバク」のモンスター効果は、フィールドのモンスターが受ける効果の扱いではありません。

したがって、質問の状況のように、「巨竜の聖騎士」の『他のモンスターの効果を受けない』効果が適用されている場合でも、『その戦闘で発生するお互いの戦闘ダメージは０になる』効果は通常通り適用されます。

なお、「EMバリアバルーンバク」のモンスター効果は、お互いのプレイヤーが受ける戦闘ダメージは0となりますが、モンスターが戦闘で破壊される際には、通常通り破壊される事になりますので、この場合、「巨竜の聖騎士」は通常通り戦闘で破壊される事になります。