相手の魔法＆罠ゾーンに「虚無空間」が表側表示で存在し、『①：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、お互いにモンスターを特殊召喚できない』効果が適用されています。

この状況で、自分のモンスターゾーンに表側表示で存在する「黒竜の忍者」が戦闘やカードの効果によって破壊され墓地へ送られた場合、『②：表側表示のこのカードがフィールドから離れた場合に発動する。このカードの効果で除外されているモンスターを可能な限り元々の持ち主のフィールドに特殊召喚する』モンスター効果は発動しますか？

質問の状況の場合でも、表側表示の「黒竜の忍者」がフィールドから離れていますので、その「黒竜の忍者」のモンスター効果は発動します。

しかしながら、「虚無空間」の効果が適用され、モンスターの特殊召喚を行う事はできませんので、「黒竜の忍者」の『①：１ターンに１度、手札及び自分フィールドの表側表示のカードの中から、「忍者」モンスター１体と「忍法」カード１枚を墓地へ送り、フィールドのモンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターを除外する。この効果は相手ターンでも発動できる』モンスター効果によって除外されたモンスターは結果的に除外されたままとなります。