ペンデュラム召喚によって相手がエクストラデッキから「EMペンデュラム・マジシャン」を特殊召喚した際に、『①：このカードが特殊召喚に成功した場合、自分フィールドのカードを２枚まで対象として発動できる。そのカードを破壊し、破壊した数だけデッキから「EMペンデュラム・マジシャン」以外の「EM」モンスターを手札に加える（同名カードは１枚まで）』モンスター効果を発動しました。

その発動にチェーンして、「オッドアイズ・ペルソナ・ドラゴン」の『①：１ターンに１度、エクストラデッキから特殊召喚された表側表示モンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターの効果をターン終了時まで無効にする。この効果は相手ターンでも発動できる』モンスター効果が発動し、さらにチェーンして発動した「月の書」の効果によって、「EMペンデュラム・マジシャン」が裏側守備表示になっている場合、処理はどうなりますか？

質問の状況の場合、チェーン3として発動した「月の書」の効果によって、「EMペンデュラム・マジシャン」が裏側守備表示になっていますので、チェーン2として発動した「オッドアイズ・ペルソナ・ドラゴン」のモンスター効果は適用されません。

結果的に、チェーン1として発動した相手の「EMペンデュラム・マジシャン」のモンスター効果は通常通り処理が行われる事になります。