自分の墓地の「光虫異変」の『②：自分の墓地からこのカードとXモンスター１体を除外して発動できる。自分フィールドの全ての昆虫族・レベル３モンスターのレベルはターン終了時まで、除外したXモンスターのランクと同じ数値のレベルになる。 この効果の発動後、ターン終了時まで自分は昆虫族モンスターしか特殊召喚できない』効果の発動にチェーンして相手の「皆既日蝕の書」が発動し、昆虫族・レベル3のモンスターが1体も自分のモンスターゾーンに表側表示で存在しなくなった場合、処理はどうなりますか？

墓地にて発動した「光虫異変」の『自分フィールドの全ての昆虫族・レベル３モンスターのレベルはターン終了時まで、除外したXモンスターのランクと同じ数値のレベルになる』効果が適用されるのは、その効果処理時に自分のモンスターゾーンに表側表示で存在していた昆虫族・レベル3のモンスターのみとなります。

したがって、質問の状況の場合、『自分フィールドの全ての昆虫族・レベル３モンスターのレベルはターン終了時まで、除外したXモンスターのランクと同じ数値のレベルになる』効果は結果的に適用されませんが、『この効果の発動後、ターン終了時まで自分は昆虫族モンスターしか特殊召喚できない』効果は適用される事になります。