相手のモンスターゾーンに「サイレント・ソードマン LV７」が存在し、『①：このカードがモンスターゾーンに存在する限り、フィールドの魔法カードの効果は無効化される』効果が適用されています。

この状況で、自分が「サイクロン」を発動し、それにチェーンして自分が「No.38 希望魁竜タイタニック・ギャラクシー」の『①：１ターンに１度、魔法カードの効果がフィールドで発動した時に発動できる。その効果を無効にし、そのカードをこのカードの下に重ねてX素材とする』効果を発動しました。

さらにチェーンして「サンダー・ブレイク」を発動し、「サイレント・ソードマン LV７」を破壊した場合、効果処理はどうなりますか？

質問の状況の場合、「サンダー・ブレイク」の効果によって「サイレント・ソードマン LV７」の効果の適用はなくなり、フィールドの魔法カードの効果は無効化されていない状態に戻ります。

したがって、「No.38 希望魁竜タイタニック・ギャラクシー」の効果によって「サイクロン」の効果が無効になり、『そのカードをこのカードの下に重ねてX素材とする』処理も通常通り適用される事になります。