「戦乙女の契約書」の『③：自分スタンバイフェイズに発動する。自分は１０００ダメージを受ける』効果が発動した際に、「DD魔導賢者ニュートン」の『②：このカードがPゾーンに存在する限り１度だけ、自分にダメージを与える罠カードの効果が発動した場合、その効果を無効にできる。その後、このカードを破壊する』ペンデュラム効果を適用しました。

その場合、その効果が無効になった「戦乙女の契約書」は、『①：手札から「DD」カードまたは「契約書」カードを１枚墓地へ送り、フィールドのカード１枚を対象として発動できる。そのカードを破壊する』効果や『②：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、自分フィールドの悪魔族モンスターの攻撃力は、相手ターンの間１０００アップする』効果も無効になりますか？

「DD魔導賢者ニュートン」のペンデュラム効果を適用した場合、その処理によって効果が無効になるのは、その発動した効果処理についてのみです。

したがって、「戦乙女の契約書」の場合、『③：自分スタンバイフェイズに発動する。自分は１０００ダメージを受ける』効果処理が1度無効になりますが、『①：手札から「DD」カードまたは「契約書」カードを１枚墓地へ送り、フィールドのカード１枚を対象として発動できる。そのカードを破壊する』効果や『②：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、自分フィールドの悪魔族モンスターの攻撃力は、相手ターンの間１０００アップする』効果は通常通り、発動し処理を行う事ができます。
（なお、「戦乙女の契約書」が魔法＆罠ゾーンに表側表示で存在する状況にて次の自分のターンのスタンバイフェイズを迎えた時には、『③：自分スタンバイフェイズに発動する。自分は１０００ダメージを受ける』効果は発動し、通常通り処理が行われる事になります。）