自分の魔法＆罠ゾーンに「マジェスペクター・スーパーセル」が表側表示で存在し、『①：自分のPゾーンに「マジェスペクター」カードが存在する場合、このカード以外の「マジェスペクター」カードの自分フィールドで発動する効果の発動と効果は無効化されない』効果が適用されています。

この状況で、相手が「スキルドレイン」を発動した場合、自分のモンスターゾーンの「マジェスペクター・キャット」等の『②：このカードはモンスターゾーンに存在する限り、相手の効果の対象にならず、相手の効果では破壊されない』モンスター効果は無効化されますか？

自分の「マジェスペクター・スーパーセル」の効果によって効果の発動と効果が無効化されなくなるのは、「マジェスペクター・スーパーセル」自身以外の、自分フィールドで発動する「マジェスペクター」と名のついたモンスターの効果の発動とその効果及び、自分フィールドで発動する「マジェスペクター」と名のついた魔法・罠カードのカードの発動とその効果になります。

「マジェスペクター・キャット」等の『②：このカードはモンスターゾーンに存在する限り、相手の効果の対象にならず、相手の効果では破壊されない』モンスター効果は永続効果ですので、自分フィールドにて発動する効果ではありません。
したがって、相手の「スキルドレイン」の効果によって、その効果は無効化される事になります。