自分が「ペンデュラム・モラトリアム」の『①：このターン、自分及び相手のPゾーンのカードは相手の効果では破壊されず、Pゾーンのカードを対象として相手が発動した効果は無効化される』効果を発動しているターンです。

そのターンに、相手が「No.66 覇鍵甲虫マスター・キー・ビートル」の『１ターンに１度、このカードのエクシーズ素材を１つ取り除き、このカード以外の自分フィールド上のカード１枚を選択して発動できる。このカードがフィールド上に表側表示で存在する限り、選択したカードはカードの効果では破壊されない』効果を発動し、ペンデュラムゾーンの「魔装戦士 ドラゴディウス」を対象とした場合、効果処理はどうなりますか？

質問の状況の場合、相手が発動した「No.66 覇鍵甲虫マスター・キー・ビートル」は『Pゾーンのカードを対象として相手が発動した効果』となりますので、「ペンデュラム・モラトリアム」の効果によって無効化される事になります。

その場合、選択したカードを対象に取り続ける事はなく、「ペンデュラム・モラトリアム」の効果の適用がなくなった場合でも、『このカードがフィールド上に表側表示で存在する限り、選択したカードはカードの効果では破壊されない』効果が適用される事はありません。
（また、選択したカードを対象に取り続けていませんので、『フィールド上のこのカードが破壊される場合、代わりに選択した自分のカード１枚を墓地へ送る事ができる』効果も結果的に適用されません。）