相手の発動した「ミラーフォース・ドラゴン」の『①：自分フィールドのモンスターが攻撃対象に選択された時、または相手の効果の対象になった時に発動できる。相手フィールドのカードを全て破壊する』モンスター効果によって、自分のフィールドゾーンの「トゥーン・キングダム」と自分のモンスターゾーンの「ブルーアイズ・トゥーン・ドラゴン」が同時に破壊される場合、「トゥーン・キングダム」の効果を適用できますか？

質問の状況の場合でも、「トゥーン・キングダム」の『④：自分フィールドのトゥーンモンスターが戦闘・効果で破壊される場合、代わりに破壊されるモンスター１体につき１枚、自分のデッキの上からカードを裏側表示で除外できる』効果を適用する事はできます。

その効果を適用した場合、「ブルーアイズ・トゥーン・ドラゴン」が破壊される代わりに自分のデッキの1番上のカード1枚が除外されますので、「ブルーアイズ・トゥーン・ドラゴン」は相手の「ミラーフォース・ドラゴン」のモンスター効果では破壊されません。
その際、「トゥーン・キングダム」のみが相手の「ミラーフォース・ドラゴン」のモンスター効果によって破壊される事になりますが、それによって「ブルーアイズ・トゥーン・ドラゴン」の『④：フィールドの「トゥーン・ワールド」が破壊された時にこのカードは破壊される』モンスター効果が適用される事になりますので、結果的に「ブルーアイズ・トゥーン・ドラゴン」も破壊される事になります。