「Emトラピーズ・マジシャン」（ATK２５００）が自分のモンスターゾーンに表側表示で存在し、自分が「Emダメージ・ジャグラー」の『②：自分または相手のバトルフェイズにこのカードを手札から捨てて発動できる。このターン自分が受ける戦闘ダメージを１度だけ０にする』効果が発動されているターンです。

自分が１０００の戦闘ダメージを受ける場合、「Emトラピーズ・マジシャン」と「Emダメージ・ジャグラー」のどちらの効果を適用した事になりますか？

「Emトラピーズ・マジシャン」の効果の適用によりその戦闘ダメージは０になります。「Emダメージ・ジャグラー」の効果を適用したことにはなりません。（そのため、その次に受ける戦闘ダメージが０になります。）
上記の戦闘では、「Emトラピーズ・マジシャン」の効果のみを考慮して戦闘ダメージを計算し、戦闘ダメージは０になります。その場合、「Emダメージ・ジャグラー」の効果を適用したことにはなりません。

例えば上記の状況で自分が受ける戦闘ダメージが３０００であった場合、「Emトラピーズ・マジシャン」の効果を考慮しても戦闘ダメージが発生することになります。その場合、「Emダメージ・ジャグラー」の効果も考慮してダメージを計算します。両方の効果が適用される場合には、"戦闘ダメージを０にする効果"を先に考慮しますので、その戦闘ダメージは「Emダメージ・ジャグラー」の効果によって０になります。