「No.39 希望皇ホープ」のみをエクシーズ素材として持っている「No.101 S・H・Ark Knight」を対象に「エクシーズ・オーバーディレイ」を発動しました。

その場合、処理はどうなりますか？

質問の状況の場合でも、『対象のモンスターのX素材を全て取り除き、対象のモンスターを持ち主のエクストラデッキに戻す』処理は適用されます。

その処理によってモンスターカードが墓地へ送られていますので、『その後、取り除いたX素材の中にモンスターカードがあった場合、そのモンスターを墓地から可能な限り相手フィールドに守備表示で特殊召喚する』処理も適用され、「No.39 希望皇ホープ」を表側守備表示で特殊召喚します。
なお、エクシーズモンスターはレベルを持ちませんので、『この効果で特殊召喚したモンスターのレベルは１つ下がる』処理は適用されません。