相手のフィールドゾーンに「王家の眠る谷－ネクロバレー」が表側表示で存在し、『②：このカードがフィールドゾーンに存在する限り、お互いに墓地のカードを除外できず、墓地のカードへ及ぶ効果は無効化され、適用されない』効果が適用されています。

この状況で、自分は「エクシーズ・オーバーディレイ」の『①：相手フィールドのX素材を持ったXモンスター１体を対象として発動できる。対象のモンスターのX素材を全て取り除き、対象のモンスターを持ち主のエクストラデッキに戻す。その後、取り除いたX素材の中にモンスターカードがあった場合、そのモンスターを墓地から可能な限り相手フィールドに守備表示で特殊召喚する。この効果で特殊召喚したモンスターのレベルは１つ下がる』効果を発動する事はできますか？

質問の状況の場合でも、「エクシーズ・オーバーディレイ」を発動する事はできます。

その処理の際に、『対象のモンスターのX素材を全て取り除き、対象のモンスターを持ち主のエクストラデッキに戻す』処理は通常通り適用されます。

なお、その処理によって取り除かされたエクシーズ素材にモンスターカードがあった場合でも、『その後、取り除いたX素材の中にモンスターカードがあった場合、そのモンスターを墓地から可能な限り相手フィールドに守備表示で特殊召喚する』処理を適用する事はできません。
（この場合、対象のモンスターのエクシーズ素材を取り除く処理、対象のモンスターをエクストラデッキに戻す処理にて、効果処理を完了する事になります。）