自分のモンスターゾーンに3体の「サイバー・ドラゴン」が表側表示で存在しています。

この状況で、自分が「ラピッド・トリガー」の『①：融合モンスターカードによって決められた自分フィールドの融合素材モンスターを破壊し、その融合モンスター１体をEXデッキから融合召喚する。この効果で特殊召喚したモンスターはEXデッキから特殊召喚されたモンスターしか攻撃できず、EXデッキから特殊召喚された他のモンスターが発動した効果を受けない』効果を発動しました。

この場合、融合召喚する融合モンスターはいつ選びますか？

「ラピッド・トリガー」は融合モンスターを融合召喚する際の融合素材モンスターをそのまま墓地へ送るのではなく、破壊して墓地へ送っていますが、「融合」等の処理と同様に、融合召喚の手順に従って、処理を行います。

したがって、融合召喚する融合モンスターを選び、その選んだ融合モンスターに対応した融合素材モンスター一組を選ぶ事になります。
（質問の状況の場合、「サイバー・エンド・ドラゴン」を融合召喚する事を選んだのであれば、「サイバー・ドラゴン」を3体とも破壊する必要がありますし、「サイバー・ツイン・ドラゴン」を融合召喚する事を選んだのであれば、「サイバー・ドラゴン」を2体選んで破壊する事になります。）