相手の「サクリファイス」の『①：１ターンに１度、相手フィールドのモンスター１体を対象として発動できる。その相手モンスターを装備カード扱いとしてこのカードに装備する（１体のみ装備可能）』モンスター効果によって、自分が特殊召喚した「終焉龍 カオス・エンペラー」が装備カード扱いとして装備されました。

その後、「サイクロン」が発動し、その装備された「終焉龍 カオス・エンペラー」が破壊された場合、『②：特殊召喚した表側表示のこのカードはフィールドから離れた場合にデッキの一番下に戻る』モンスター効果によってデッキの一番下に戻りますか？

「終焉龍 カオス・エンペラー」の『②：特殊召喚した表側表示のこのカードはフィールドから離れた場合にデッキの一番下に戻る』モンスター効果は、「終焉龍 カオス・エンペラー」自身が表側表示の状態でモンスターゾーンから離れた場合に適用される効果となります。

質問の状況のように、装備カード扱いとなった「終焉龍 カオス・エンペラー」が「サイクロン」の効果で破壊される場合、デッキの一番下には戻らず、エクストラデッキに表側表示で加わる事になります。