相手のフィールドゾーンに「王家の眠る谷－ネクロバレー」が表側表示で存在し、『②：このカードがフィールドゾーンに存在する限り、お互いに墓地のカードを除外できず、墓地のカードへ及ぶ効果は無効化され、適用されない』効果が適用されています。

この状況で、自分が墓地の「グローアップ・バルブ」を対象として、「トラゴエディア」の『④：１ターンに１度、自分の墓地のモンスター１体を対象として発動できる。このカードのレベルはターン終了時までそのモンスターと同じになる』モンスター効果を発動した場合、そのモンスター効果は無効化されますか？

「トラゴエディア」の『このカードのレベルはターン終了時までそのモンスターと同じになる』モンスター効果は、墓地のモンスターを対象としていますが、『墓地のカードへ及ぶ効果』としては扱われません。

したがって、「王家の眠る谷－ネクロバレー」の効果が適用されている場合でも、発動した「トラゴエディア」のモンスター効果は通常通り適用され、そのレベルが変化します。
（質問の状況の場合、「グローアップ・バルブ」を対象として発動していますので、「トラゴエディア」のレベルは1になります。）