「サイバース・ウィッチ」の『①：このカードのリンク先にモンスターが特殊召喚された場合、自分の墓地の魔法カード１枚を除外して発動できる。デッキからサイバース族の儀式モンスター１体と「サイバネット・リチューアル」１枚を手札に加える』モンスター効果を発動した際に、相手がチェーンして「悪のデッキ破壊ウイルス」を発動しました。

その際に、「悪のデッキ破壊ウイルス」の『そのモンスターの攻撃力５００につき１枚、相手は自身の手札・デッキからカードを選んで破壊する』処理を行った結果、自分のデッキにサイバース族の儀式モンスターまたは「サイバネット・リチューアル」のどちらかが存在しなくなっている場合、「サイバース・ウィッチ」のモンスター効果の処理はどうなりますか？

「サイバース・ウィッチ」の『デッキからサイバース族の儀式モンスター１体と「サイバネット・リチューアル」１枚を手札に加える』モンスター効果は、その2枚のカードをデッキから手札に加える効果となります。

質問の状況のように、効果処理時にその2枚の内1枚がデッキに存在しなくなっているような場合には、効果処理は適用されません。
（デッキからもう1枚のみを手札に加える、という事もできません。）