自分の墓地に魔法カードが3枚以上存在する状態で、相手の魔法＆罠ゾーンにセットされているカードを対象として、自分は「閃刀術式－ジャミングウェーブ」の『①：自分のメインモンスターゾーンにモンスターが存在しない場合、フィールドにセットされた魔法・罠カード１枚を対象として発動できる。そのカードを破壊する。その後、自分の墓地に魔法カードが３枚以上存在する場合、フィールドのモンスター１体を選んで破壊できる』効果を発動しました。

相手がその対象となった「群雄割拠」をチェーンして発動し表側表示にした場合、処理はどうなりますか？

「閃刀術式－ジャミングウェーブ」の対象となったセットされている魔法・罠カードがチェーンして発動され表側表示になっている場合でも、そのカードは対象のカードである事に変わりはありません。

したがって、『そのカードを破壊する』処理は通常通り適用され、対象の「群雄割拠」は破壊される事になります。

なお、質問の状況の場合、エクストラモンスターゾーンや相手のメインモンスターゾーンにモンスターが存在しているのであれば、『その後、自分の墓地に魔法カードが３枚以上存在する場合、フィールドのモンスター１体を選んで破壊できる』処理を適用する事もできます。