自分の墓地の炎属性モンスター５体を除外して「ヘルフレイムエンペラー」の『このカードがアドバンス召喚に成功した時、自分の墓地に存在する炎属性モンスターを５体までゲームから除外する事ができる。この効果で除外したモンスターの数だけ、フィールド上に存在する魔法・罠カードを破壊する』効果を発動しました。

相手がチェーンにて「非常食」を発動し、フィールドの魔法・罠カード２枚を墓地へ送ったため、フィールドの魔法・罠カードは全部で３枚になりました。
この場合、「ヘルフレイムエンペラー」の効果処理はどうなりますか？

質問の状況のように、「ヘルフレイムエンペラー」の効果を発動する際に除外したモンスターの数と同じ数だけ、フィールドの魔法・罠カードを破壊する事ができなくなった場合には、「ヘルフレイムエンペラー」の効果は適用されません。
（フィールドの魔法・罠カードは１枚も破壊されません。）