自分のモンスターゾーンに表側表示の「スターダストン」1体のみが存在し、相手のモンスターゾーンにはエクシーズ素材を2つ持った「エヴォルカイザー・ラギア」が1体のみ存在しています。

この状況で自分が「ヘル・セキュリティ」を表側攻撃表示で召喚した際に、その召喚に対して相手が「エヴォルカイザー・ラギア」の『このカードのエクシーズ素材を２つ取り除いて発動する。魔法・罠カードの発動、モンスターの召喚・特殊召喚のどれか１つを無効にし破壊する』効果を発動しました。

この場合、「スターダストン」の『相手フィールド上のモンスターの数より、自分フィールド上のモンスターの数が多い場合、このカードを破壊する』効果は適用されますか？

質問の状況の場合、自分のモンスターゾーンに存在するモンスターの数と相手のモンスターゾーンに存在するモンスターの数が同じですので、自分が新たに「ヘル・セキュリティ」を表側表示で召喚したのであれば、自分のモンスターゾーンに存在するモンスターの数の方が多い状態になります。

しかしながら、相手の「エヴォルカイザー・ラギア」の効果によって、「ヘル・セキュリティ」の召喚が無効になっていますので、この場合、自分のモンスターゾーンに存在するモンスターの数と相手のモンスターゾーンに存在するモンスターの数は同じ状態のままとして扱われる事になります。

したがって、「スターダストン」の『相手フィールド上のモンスターの数より、自分フィールド上のモンスターの数が多い場合、このカードを破壊する』効果は適用されません。