自分が攻撃力2800の「巨神竜フェルグラント」で、相手の攻撃力3000の「古代の機械熱核竜」を攻撃したダメージ計算時に、自分は「ぶつかり合う魂」を発動しました。

その結果、『その戦闘で発生するお互いの戦闘ダメージは０になり、ダメージ計算後にその戦闘でモンスターが破壊されたプレイヤーのフィールドのカードは全て墓地へ送られる』処理によって、相手フィールドのカードは「古代の機械熱核竜」も含めて全て墓地へ送られました。

この場合、自分は「巨神竜フェルグラント」の『②：このカードが戦闘で相手モンスターを破壊した場合、「巨神竜フェルグラント」以外の自分または相手の墓地のレベル７・８のドラゴン族モンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターを自分フィールドに特殊召喚する』モンスター効果を発動する事はできますか？

「ぶつかり合う魂」の『ダメージ計算後にその戦闘でモンスターが破壊されたプレイヤーのフィールドのカードは全て墓地へ送られる』処理によって墓地へ送られたモンスターは戦闘で破壊された扱いにはなりません。

したがって、質問の状況の場合、相手の「古代の機械熱核竜」は戦闘で破壊された扱いにはなりませんので、自分は「巨神竜フェルグラント」の『このカードが戦闘で相手モンスターを破壊した場合』に発動するモンスター効果を発動する事はできません。