相手の魔法＆罠ゾーンに「マクロコスモス」が表側表示で存在し、『このカードがフィールド上に存在する限り、墓地へ送られるカードは墓地へは行かずゲームから除外される』効果が適用されています。

この状況で、自分のモンスターゾーンに存在する「D３」が戦闘やカードの効果によって破壊され、「マクロコスモス」の効果で除外される場合、『③：このカードが戦闘・効果で破壊された場合に発動できる。デッキから「D-HERO」モンスター１体を墓地へ送る』モンスター効果を発動する事はできますか？

戦闘やカードの効果によって破壊された「D３」が墓地へ送られず除外される場合でも、その「D３」のモンスター効果を発動する事はできます。

質問の状況の場合、「マクロコスモス」の効果が適用されていますので、『デッキから「D-HERO」モンスター１体を墓地へ送る』処理によって選んだモンスターも除外される事になります。