自分の「闇黒世界－シャドウ・ディストピア－」の『③：自分・相手のエンドフェイズに発動する。このターンにこのカードが表側表示で存在する状態でリリースされたモンスターの数まで、ターンプレイヤーのフィールドに「シャドウトークン」（悪魔族・闇・星３・攻／守１０００）を可能な限り守備表示で特殊召喚する』効果によって、相手のモンスターゾーンに「シャドウトークン」が特殊召喚されています。

その後、「所有者の刻印」の『フィールド上の全てのモンスターのコントロールは、元々の持ち主に戻る』効果が発動した場合、「シャドウトークン」はどうなりますか？

「闇黒世界－シャドウ・ディストピア－」の『ターンプレイヤーのフィールドに「シャドウトークン」（悪魔族・闇・星３・攻／守１０００）を可能な限り守備表示で特殊召喚する』効果によって特殊召喚された「シャドウトークン」の元々の持ち主は、その効果を発動したプレイヤーとなります。（自分のモンスターゾーン・相手のモンスターゾーンのどちらに特殊召喚されている場合でも、違いはありません。）

質問の状況の場合、自分が「シャドウトークン」の元々の持ち主となりますので、「所有者の刻印」の効果が適用された場合、相手のモンスターゾーンに存在する「シャドウトークン」のコントロールが自分へと移ります。