相手のモンスターゾーンに捕食カウンターが置かれた「堕天使ゼラート」が表側表示で存在しています。

この状況で、その相手の「堕天使ゼラート」が『①：手札から闇属性モンスター１体を墓地へ送って発動できる。相手フィールドのモンスターを全て破壊する』モンスター効果を発動し、さらにその発動にチェーンして相手が「月の書」を発動して、自分のモンスターゾーンに存在する「捕食植物ドラゴスタペリア」を裏側守備表示にしました。

この場合、自分の「捕食植物ドラゴスタペリア」の『②：このカードがモンスターゾーンに存在する限り、相手が発動した捕食カウンターが置かれているモンスターの効果は無効化される』モンスター効果は適用されますか？

「捕食植物ドラゴスタペリア」の『②：このカードがモンスターゾーンに存在する限り、相手が発動した捕食カウンターが置かれているモンスターの効果は無効化される』モンスター効果は永続効果です。

質問の状況のように、捕食カウンターが置かれている相手の「堕天使ゼラート」がモンスター効果を発動した効果処理時に、「月の書」の効果によって自分の「捕食植物ドラゴスタペリア」自身が裏側守備表示になっている場合には、効果は無効化されず、効果処理が通常通り適用される事になります。

（この場合、相手の「堕天使ゼラート」のモンスター効果によって、裏側守備表示になっている自分の「捕食植物ドラゴスタペリア」が破壊される事になります。）