「先史遺産都市バビロン」の『１ターンに１度、自分の墓地の「先史遺産」と名のついたモンスター１体をゲームから除外し、除外したモンスターと同じレベルを持つ「先史遺産」と名のついたモンスター１体を自分の墓地から選択して発動できる。選択したモンスターを特殊召喚する』効果を発動する際に、「先史遺産クリスタル・エイリアン」等の「先史遺産」と名のついたエクシーズモンスターを除外する事はできますか？

「先史遺産都市バビロン」の効果を発動する場合、自分の墓地から除外する「先史遺産」と名のついたモンスターは、レベルを持つモンスターでなければなりません。

「先史遺産都市バビロン」の効果を発動する場合、コストとして除外した墓地のモンスターと同じレベルを持つ、墓地の「先史遺産」と名のついたモンスター1体を選択して特殊召喚する事になります。

したがって、「先史遺産」と名のついたエクシーズモンスターを除外して「先史遺産都市バビロン」の効果を発動する事はできません。
（また、「先史遺産都市バビロン」の効果で特殊召喚するモンスターとして、「先史遺産」と名のついたエクシーズモンスターを選択する事もできません。）