自分が魔法・罠カードを自分フィールドにセットした際に、自分の墓地の「EM五虹の魔術師」の『①：このカードが墓地に存在し、自分フィールドに魔法・罠カードがセットされた場合に発動できる。墓地のこのカードを自分のPゾーンに置く』モンスター効果を発動しました。

その発動にチェーンして、相手が「魔封じの芳香」を発動し、『①：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、お互いに魔法カードはセットしなければ発動できず、セットしたプレイヤーから見て次の自分ターンが来るまで発動できない』効果が適用された場合、処理はどうなりますか？

「EM五虹の魔術師」のモンスター効果による『墓地のこのカードを自分のPゾーンに置く』処理は、「EM五虹の魔術師」をペンデュラムゾーンに魔法カードとして発動を行う扱いではありませんので、質問の状況のように、チェーンして発動した「魔封じの芳香」が適用されている場合でも、効果処理は通常通り適用され、「EM五虹の魔術師」はペンデュラムゾーンに置かれます。