相手が発動した「閃刀術式－アフターバーナー」の『そのモンスターを破壊する』処理によって自分のモンスターゾーンに表側攻撃表示で存在する「魔晶龍ジルドラス」が破壊され墓地へ送られ、さらに、『その後、自分の墓地に魔法カードが３枚以上存在する場合、フィールドの魔法・罠カード１枚を選んで破壊できる』処理によって、自分フィールドの魔法・罠カードが破壊され墓地へ送られました。

この場合、自分はその墓地へ送られた「魔晶龍ジルドラス」の『①：このカードが手札・墓地に存在し、自分フィールドの魔法・罠カードが相手の効果でフィールドから離れ、墓地へ送られた場合または除外された場合に発動できる。このカードを特殊召喚する。その後、自分の墓地のカード及び除外されている自分のカードの中から、魔法・罠カード１枚を選んで自分の魔法＆罠ゾーンにセットできる。この効果で特殊召喚したこのカードは、フィールドから離れた場合に除外される』モンスター効果を発動する事はできますか？

「閃刀術式－アフターバーナー」の効果は、対象のモンスターを破壊する処理と、魔法・罠カード1枚を選んで破壊する処理は同時に行われる扱いではありません。

質問の状況の場合、「魔晶龍ジルドラス」が墓地に存在する状態で、自分フィールドの魔法・罠カードが相手のカードの効果によって破壊され墓地へ送られていますので、その「魔晶龍ジルドラス」のモンスター効果を発動する事ができます。