自分のモンスターゾーンに「ライトロード・アテナ ミネルバ」が表側表示で存在し、『②：自分フィールドの「ライトロード」モンスターは効果では除外できない』永続効果が適用されています。

この状況で、自分は「神光の龍」の『①：自分・相手ターンに１度、２０００LPを払って発動できる。このカード以外のお互いのフィールド・墓地のカードを全て除外する』の効果を発動できますか？

除外できるカードが１枚以上存在しているのであれば、発動できます。（この「除外できるカード」とは、『除外できない』状態のカードを除くカードを指します。例として、『効果を受けない』効果を持つモンスターについても結果的には除外されませんが、この時点では『除外できるカード』として数えます。）
例として、以下の状況が挙げられます。

・相手フィールドにカードが１枚以上存在している
・自分・相手のどちらかの墓地に、カードが１枚以上存在している

なお、お互いの墓地にカードが１枚も存在せず、お互いのフィールドに存在しているカードが、自分の「ライトロード・アテナ ミネルバ」と表側表示の「ライトロード」モンスターのみである場合は、除外できるカードがありませんので、「神光の龍」の①の効果は発動できません。