相手のデッキが0枚の場合、自分は「剣の王 フローディ」の『②：自分フィールドの、「ジェネレイド」モンスターまたは戦士族モンスターを任意の数だけリリースし、その数だけフィールドのモンスターを対象として発動できる。そのモンスターを破壊する。その後、破壊された相手フィールドのモンスターの数だけ相手はデッキからドローできる。この効果は相手ターンでも発動できる』モンスター効果を発動する際に、相手のモンスターゾーンに存在するモンスターを対象に選択する事はできますか？

「剣の王 フローディ」のモンスター効果によって、相手のモンスターゾーンに存在するモンスターが破壊される場合、『その後、破壊された相手フィールドのモンスターの数だけ相手はデッキからドローできる』処理によってドローを行うかを選ぶのは相手プレイヤーとなります。

質問の状況のように、相手のデッキが0枚の場合でも、自分は「剣の王 フローディ」のモンスター効果を発動し、相手のモンスターゾーンに存在するモンスターを対象に選択する事はできます。
（この場合、相手はドローの処理を行う事ができませんので、対象のモンスターを破壊する処理にて処理が完了した扱いとなります。）