自分が「リターン・オブ・アンデット」の『①：フィールドのアンデット族モンスター１体を選んで除外する。その後、そのコントローラーの墓地からアンデット族モンスター１体を選び、その持ち主のフィールドに守備表示で特殊召喚する』効果を発動した際に、相手がチェーンして「転生の予言」を発動し、お互いの墓地のアンデット族モンスターがデッキに戻った事で、お互いの墓地にアンデット族モンスターが存在しない状態となった場合、効果処理はどうなりますか？

「リターン・オブ・アンデット」の『①：フィールドのアンデット族モンスター１体を選んで除外する。その後、そのコントローラーの墓地からアンデット族モンスター１体を選び、その持ち主のフィールドに守備表示で特殊召喚する』効果は、選んだモンスターの除外と、その除外されたモンスターのコントローラーの墓地からモンスターを特殊召喚する処理がどちらも行える状況でなければ効果処理は適用されません。

したがって、質問の状況のように、効果処理時に、お互いの墓地にアンデット族モンスターが1体も存在しなくなっている場合には、「リターン・オブ・アンデット」の効果処理は適用されません。
（モンスターゾーンに存在するアンデット族モンスターを除外する処理も含めて、全ての処理が適用されません。）