自分のペンデュラムゾーンに存在する「メタファイズ・デコイドラゴン」が相手の「コズミック・サイクロン」の『①：１０００LPを払い、フィールドの魔法・罠カード１枚を対象として発動できる。そのカードを除外する』効果によって除外されました。

この時、自分は「魔晶龍ジルドラス」の『①：このカードが手札・墓地に存在し、自分フィールドの魔法・罠カードが相手の効果でフィールドから離れ、墓地へ送られた場合または除外された場合に発動できる。このカードを特殊召喚する。その後、自分の墓地のカード及び除外されている自分のカードの中から、魔法・罠カード１枚を選んで自分の魔法＆罠ゾーンにセットできる。この効果で特殊召喚したこのカードは、フィールドから離れた場合に除外される』モンスター効果を発動する事はできますか？

ペンデュラムゾーンに存在するペンデュラムモンスターは魔法カードとして扱われていますので、質問の状況のように、「コズミック・サイクロン」の効果などによって、ペンデュラムゾーンから除外されたのであれば、「魔晶龍ジルドラス」のモンスター効果を発動する事ができます。

『このカードを特殊召喚する』処理は通常通り適用する事ができますが、除外されたペンデュラムモンスターは魔法カードとしては扱われませんので、『その後、自分の墓地のカード及び除外されている自分のカードの中から、魔法・罠カード１枚を選んで自分の魔法＆罠ゾーンにセットできる』処理は、自分の墓地または除外されているカードの中に魔法・罠カードが存在していなければ適用する事はできません。