自分のフィールドゾーンに「王家の眠る谷－ネクロバレー」が表側表示で存在し、『②：このカードがフィールドゾーンに存在する限り、お互いに墓地のカードを除外できず、墓地のカードへ及ぶ効果は無効化され、適用されない』効果が適用されています。

この状況で、自分が「悪のデッキ破壊ウイルス」の『①：自分フィールドの攻撃力３０００以下の闇属性モンスター１体をリリースして発動できる。そのモンスターの攻撃力５００につき１枚、相手は自身の手札・デッキからカードを選んで破壊する。このカードを発動するために攻撃力２０００以上のモンスターをリリースした場合、相手ターンで数えて３ターンの間に相手がドローしたカードを全て確認し、その内のモンスターを全て破壊する。また、このカードの効果で破壊され墓地へ送られているカードは、破壊されたターンには効果を発動できない』効果を発動した場合、その効果は「王家の眠る谷－ネクロバレー」の効果によって無効化されますか？

「悪のデッキ破壊ウイルス」の効果は、墓地のカードへ及ぶ効果としては扱われませんので、質問の状況のように、「王家の眠る谷－ネクロバレー」の効果が適用されている場合でも、その効果が無効化される事はありません。