相手が手札の「クリフォート・ツール」をペンデュラムゾーンに魔法カードとして発動しました。

この時、自分がその発動にチェーンして、「ヴァンパイアの支配」の『①：自分フィールドに「ヴァンパイア」モンスターが存在し、モンスターの効果・魔法・罠カードが発動した時に発動できる。その発動を無効にし破壊する。その後、破壊したカードがモンスターカードだった場合、自分はその元々の攻撃力分だけLPを回復する』効果を発動しました。

この場合の処理はどうなりますか？

質問の状況のように、手札のペンデュラムモンスターを魔法カードとしてペンデュラムゾーンに発動する場合も、魔法カードのカードの発動にあたりますので、その発動にチェーンして、自分は「ヴァンパイアの支配」を発動する事はできます。

その場合、そのペンデュラムモンスターは発動が無効になり破壊され、墓地へ送られる事になり、『その後、破壊したカードがモンスターカードだった場合、自分はその元々の攻撃力分だけLPを回復する』処理も通常通り適用される事になります。
（質問の状況の場合、自分は「クリフォート・ツール」の元々の攻撃力分となる1000ライフポイントを回復する事になります。）