「もののけの巣くう祠」の『②：自分フィールドにモンスターが存在しない場合、墓地のこのカードを除外し、自分の墓地のアンデット族モンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターを効果を無効にして特殊召喚する』効果によって、「九尾の狐」を墓地から特殊召喚しました。

その後、その「九尾の狐」が戦闘やカードの効果によって破壊され墓地へ送られた場合、『③：このカードが戦闘・効果で破壊され墓地へ送られた場合に発動できる。自分フィールドに「狐トークン」（アンデット族・炎・星２・攻／守５００）２体を特殊召喚する』モンスター効果を発動する事はできますか？

墓地で発動した「もののけの巣くう祠」の効果によって特殊召喚されたモンスターは、フィールドにて発動・適用される効果は無効化されますが、墓地にて発動する効果は無効化されません。

質問の状況の場合、「もののけの巣くう祠」の効果によって特殊召喚された「九尾の狐」が戦闘・効果によって破壊され墓地へ送られた場合、『自分フィールドに「狐トークン」（アンデット族・炎・星２・攻／守５００）２体を特殊召喚する』モンスター効果を発動する事はできます。
（その効果処理も通常通り適用されます。）