自分のエクストラデッキに存在する裏側表示のカードが1枚のみの場合、「サイバネット・ストーム」の『③：自分が２０００以上の戦闘・効果ダメージを受けた場合に発動できる。自分のEXデッキの裏側表示のカードだけをシャッフルし、その一番上のカードをめくる。めくったカードがサイバース族リンクモンスターだった場合、そのモンスターを特殊召喚する。違った場合は元に戻す』効果を発動する事はできますか？

自分のエクストラデッキに存在する裏側表示のカードが1枚のみの場合でも、自分が2000以上の戦闘・効果ダメージを受けた場合であれば、「サイバネット・ストーム」の効果を発動する事ができます。

その場合、自分のエクストラデッキに存在する裏側表示のカードが1枚のみですので、『自分のEXデッキの裏側表示のカードだけをシャッフルし』の処理を行う必要はありません。その1枚の裏側表示のカードをめくって処理を行います。

その結果、めくったカードがサイバース族のリンクモンスターだった場合には、通常通り特殊召喚の処理が行われる事になります。