相手のメインモンスターゾーンに「紺碧の機界騎士」が表側表示で存在し、その同じ縦列となる自分のメインモンスターゾーンに「紅蓮の機界騎士」が表側表示で存在しています。

この状況で、自分が「紅蓮の機界騎士」の『②：自分の墓地から「ジャックナイツ」モンスター１体を除外し、このカードと同じ縦列の表側表示モンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターを破壊する』モンスター効果を発動した際に、相手がその対象となった「紺碧の機界騎士」の『②：１ターンに１度、自分フィールドの「ジャックナイツ」モンスター１体を対象として発動できる。その自分のモンスターの位置を、他の自分のメインモンスターゾーンに移動する。この効果は相手ターンでも発動できる』モンスター効果を発動し、「紺碧の機界騎士」の位置が「紅蓮の機界騎士」とは異なる縦列に移動しました。

この場合、効果処理はどうなりますか？

質問の状況のように、「紅蓮の機界騎士」のモンスター効果の対象として選択したモンスターの位置が効果処理時に移動し、「紅蓮の機界騎士」と同じ縦列に存在しなくなっている場合でも、その効果処理は通常通り適用され、対象のモンスター（＝質問の状況の場合、「紺碧の機界騎士」）は破壊される事になります。