「精神操作」の効果によって、元々の持ち主が自分の「クローラー・デンドライト」のコントロールが相手に移っています。

この状況で、相手が「亜空間物質転送装置」を発動し、その「クローラー・デンドライト」を除外した場合、「クローラー・デンドライト」の『②：表側表示のこのカードが相手の効果でフィールドから離れた場合に発動できる。「クローラー・デンドライト」以外の「クローラー」モンスター２体をデッキから裏側守備表示で特殊召喚する（同名カードは１枚まで）』モンスター効果を発動する事はできますか？

「クローラー・デンドライト」の『「クローラー・デンドライト」以外の「クローラー」モンスター２体をデッキから裏側守備表示で特殊召喚する（同名カードは１枚まで）』モンスター効果は、元々の持ち主がコントロールしている状態でフィールドに表側表示で存在する「クローラー・デンドライト」が相手のカードの効果によってフィールドから離れた場合に発動する事ができる効果です。

したがって、質問の状況のように、「クローラー・デンドライト」のコントロールが相手に移っている状態でカードの効果によってフィールドから離れた場合には、「クローラー・デンドライト」のモンスター効果を発動する事はできません。