自分の「サブマリンロイド」が自身のモンスター効果によって直接攻撃を宣言したダメージ計算時に、「メガロイド都市」の『②：自分の「ロイド」モンスターが戦闘を行うダメージ計算時に、デッキから「ロイド」モンスター１体を墓地へ送って発動できる。その戦闘を行う自分のモンスターはそのダメージ計算時のみ、元々の攻撃力と元々の守備力が入れ替わる』効果を発動しました。

この場合、入れ替わった攻撃力と守備力は、元々の攻撃力・守備力として扱われますか？

「メガロイド都市」の『その戦闘を行う自分のモンスターはそのダメージ計算時のみ、元々の攻撃力と元々の守備力が入れ替わる』効果によって、入れ替わった攻撃力と守備力は、元々の攻撃力・守備力として扱われます。

したがって、質問の状況の場合、「サブマリンロイド」は攻撃力1800、守備力800の状態でダメージ計算を行う事になります。
「サブマリンロイド」は自身のモンスター効果によって直接攻撃を行う場合、『この時、相手ライフに与える戦闘ダメージはこのカードの元々の攻撃力と同じ数値になる』ため、相手に与える戦闘ダメージは1800になります。