自分の「時械神サディオン」が攻撃を行ったターンのバトルフェイズです。

自分のライフポイントが3500の状態であったため、自分の「時械神サディオン」の『③：このカードが戦闘を行ったバトルフェイズ終了時、自分のLPが４０００より少ない場合に発動する。自分のLPは４０００になる』モンスター効果が発動しました。

その発動にチェーンして相手が「スマイル・ユニバース」を発動し、『①：自分のEXデッキから表側表示のPモンスターを可能な限り特殊召喚する。この効果で特殊召喚したモンスターの効果は無効化される。その後、この効果で特殊召喚したモンスターの元々の攻撃力の合計分だけ相手のLPを回復する』効果によって、「オッドアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」を特殊召喚した事で、自分のライフポイントが2500回復し、6000の状態になりました。

この場合、「時械神サディオン」のモンスター効果の処理はどうなりますか？

質問の状況のように、「時械神サディオン」の『自分のLPは４０００になる』モンスター効果の発動にチェーンして発動したカードの効果によって、自分のライフポイントが4000より多くなっている場合でも、効果処理は適用され、自分のライフポイントは4000になります。