自分のモンスターゾーンに「EMスカイ・マジシャン」が表側表示で存在しています。

自分が手札から「魔術師の右手」を発動した際に、相手がチェーンして「サイクロン」を発動し、その「魔術師の右手」を破壊する対象に選択しました。

この時、自分は「EMスカイ・マジシャン」の『②：自分フィールドの永続魔法カード１枚を対象として発動できる。そのカードを持ち主の手札に戻す。その後、手札から「魔術師」永続魔法カード１枚を発動できる。この効果は相手ターンでも発動できる』モンスター効果を発動し、その「魔術師の右手」を手札に戻す事はできますか？

自分の永続魔法カードのカードの発動にチェーンして「サイクロン」が発動し、その永続魔法カードが破壊される対象となった場合に、その永続魔法カードを対象として、「EMスカイ・マジシャン」のモンスター効果を発動する事ができます。

質問の状況の場合、『そのカードを持ち主の手札に戻す』処理によって、「魔術師の右手」を手札に戻す事になりますので、「サイクロン」の処理は適用されません。
（なお、『その後、手札から「魔術師」永続魔法カード１枚を発動できる』処理を適用する場合には、その手札に戻した「魔術師の右手」を発動する事もできます。）