相手のモンスターゾーンにエクストラデッキから特殊召喚された「D-HERO ディストピアガイ」が表側表示で存在しています。

その状況で、相手のスタンバイフェイズに自分は「SRビードロ・ドクロ」を『①：自分・相手のスタンバイフェイズに、エクストラデッキから特殊召喚されたモンスターが相手フィールドに存在する場合に発動できる。このカードを手札から特殊召喚する』モンスター効果によって、表側攻撃表示で特殊召喚しました。

その後、相手が「D-HERO ディストピアガイ」で自分の「SRビードロ・ドクロ」を攻撃し、「SRビードロ・ドクロ」が戦闘で破壊される場合、『③：このカードの戦闘で発生する自分への戦闘ダメージは代わりに相手が受ける』モンスター効果は適用されますか？

「SRビードロ・ドクロ」の『③：このカードの戦闘で発生する自分への戦闘ダメージは代わりに相手が受ける』モンスター効果は、「SRビードロ・ドクロ」が通常召喚されたモンスターと戦闘を行った時だけでなく、特殊召喚されたモンスターと戦闘を行った時にも適用されます。

「SRビードロ・ドクロ」が特殊召喚されたモンスターと戦闘を行った場合には、『②：このカードは通常召喚されたモンスターとの戦闘では破壊されない』モンスター効果が適用されませんので、質問の状況のような場合には、「SRビードロ・ドクロ」が戦闘で破壊される事もあります。

なお、その場合でも、『③：このカードの戦闘で発生する自分への戦闘ダメージは代わりに相手が受ける』モンスター効果は通常通り適用されます。
（質問の状況の場合、攻撃力2800の「D-HERO ディストピアガイ」と、攻撃力0の「SRビードロ・ドクロ」が戦闘を行っていますので、2800の戦闘ダメージを代わりに相手が受ける事になります。）