「十二獣ヴァイパー」1体のみをエクシーズ素材としている相手の「十二獣ワイルドボウ」を、自分が「DDD磐石王ダリウス」で攻撃しました。

この場合、「DDD磐石王ダリウス」の『②：このカードが相手モンスターと戦闘を行うダメージ計算時、このカードのX素材を１つ取り除いて発動できる。このカードはその戦闘では破壊されず、ダメージ計算後にその相手モンスターを破壊し、相手に５００ダメージを与える』モンスター効果と、「十二獣ワイルドボウ」が得ている「十二獣ヴァイパー」の『●このカードが相手モンスターと戦闘を行ったダメージ計算後に発動する。その相手モンスターを除外する』効果はそれぞれどのように適用されますか？

質問の状況の場合、ダメージ計算時に「DDD磐石王ダリウス」のモンスター効果を発動するかどうかを選ぶ事になります。

発動した場合、『このカードはその戦闘では破壊されず』の効果が適用され、戦闘ダメージ計算が行われます。

そのダメージ計算後、既に適用されている「DDD磐石王ダリウス」の『ダメージ計算後にその相手モンスターを破壊し、相手に５００ダメージを与える』効果がただちに適用され、相手の「十二獣ワイルドボウ」は破壊され、相手に500のダメージを与えます。

この場合、「十二獣ヴァイパー」の効果を得ていた「十二獣ワイルドボウ」はフィールドに存在しなくなっていますので、『●このカードが相手モンスターと戦闘を行ったダメージ計算後に発動する。その相手モンスターを除外する』効果が発動する事はありません。