自分が「ファイヤークラッカー」の『①：このカードを手札から捨てて発動できる。相手に１０００ダメージを与え、次の自分ドローフェイズをスキップする。この効果は相手ターンでも発動できる』モンスター効果を発動しました。

その発動にチェーンして、相手が魔法＆罠ゾーンにセットされていた「マジシャンズ・プロテクション」を発動しました。

この時、相手のモンスターゾーンに魔法使い族モンスターが表側表示で存在し、『①：自分フィールドに魔法使い族モンスターが存在する限り、自分が受ける全てのダメージは半分になる』効果が適用される場合、効果処理はどうなりますか？

質問の状況の場合、相手は「マジシャンズ・プロテクション」の効果が適用された事によって、「ファイヤークラッカー」のモンスター効果で受けるダメージは半分の500になります。

この場合、結果的に相手が受けたダメージは半分ですが、「ファイヤークラッカー」の効果によって相手にダメージを与える処理が適用されていますので、『次の自分ドローフェイズをスキップする』処理は通常通り適用されます。